Se déroulant quelques années après La malédiction de Molly Hartley, qui à présent adulte, est possédé par un esprit maléfique et doit être exorcisé par un prêtre déchu avant que le démon ne prennent totalement le contrôle.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, le projet Philadeplhia Experiment a pour but de rendre les navires de la flotte américaine invisibles à ses ennemis. Le navire Eldrige tente l'expérience et disparaît littéralement. En 1984, une nouvelle opération menée est un succès qui ramène le navire Eldridge disparu en 1943. Mais à son bord, deux marins de cette même époque, Jim et David, traversent également ces quarante années.